Die benthischen Diatomeen (Aufwuchskieselalgen) in Fließgewässern stellen neben den Makrophyten und den sonstigen Aufwuchsalgen  (sonstiges Phytobenthos - PoD) eine Teilkomponente der Biologischen Qualitätskomponente „Gewässerflora“ dar.

Wichtig für die Zusammensetzung der Diatomeen-Gemeinschaften sind vor allem stoffliche Zustandsgrößen – wie zum Beispiel der Elektrolytgehalt, die Alkalinität und die Nährstoffverhältnisse im Gewässer. Diese Faktoren bestimmen in erster Linie die Artenzusammensetzung und -häufigkeiten sowie die Diversität der jeweiligen Diatomeen-Gesellschaft. Kieselalgen sind gute Bioindikatoren z. B. im Hinblick auf Versauerung und Versalzung.

Die Diatomeen werden gemäß dem PHYLIB-Verfahren zur Bewertung der Qualitätskomponente „Makrophyten & Phytobenthos“ zur Umsetzung der Wasserrahmenrichtlinie in Fließgewässern (Schaumburg et al. 2012) untersucht und bewertet.

Die Bewertung der ökologischen Qualität mit benthischen Diatomeen erfolgt durch Vergleich der vorhandenen Diatomeen-Gesellschaft mit der jeweiligen typspezifischen Referenzgesellschaft.

Die Teilmodule „Trophieindex“ bzw. „Saprobienindex“; „Artenzusammensetzung und Abundanzen“ (Referenzarten/-summen-Index); „Halobienindex“ und „Versauerungsanzeiger“ (letzteres nur relevant in versauerungsempfindlichen Gewässertypen, z. B.  Typ 5) werden mit der PHYLIB-Software auf Basis der ermittelten Arten und Abundanzen berechnet.

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