Armleuchteralgen, Moose und Höhere Pflanzen (Samenpflanzen), die in den Fließgewässern und Stehgewässern wachsen, werden als aquatische Makrophyten bezeichnet.

Die Armleuchteralgen (Characeen) wachsen immer komplett untergetaucht (submers). Dagegen gibt es bei den Höheren Pflanzen sowohl Arten, die komplett untergetaucht bzw. auf der Wasseroberfläche wachsen (Wasserpflanzen, wie zum Beispiel Wasserhahnenfuß oder Seerose bzw. Teichrose) als auch solche, die nur „mit den Füßen im Wasser stehen“ und zum größeren Teil oberhalb der Wasserlinie vorkommen (Sumpfpflanzen, wie zum Beispiel Schilf).

Insgesamt treten in den Fließ- und Stehgewässern in Deutschland etwa 350 Arten auf. Die Artenzusammensetzung hängt im Wesentlichen von der Wasserhärte, von den Salz- und den Nährstoffverhältnissen ab. In Fließgewässern spielen auch die Strömungsbedingungen eine wichtige Rolle.

Im Umkehrschluss kann aufgrund der vorgefundenen Arten eine Bewertung vorgenommen werden, ob die vorhandenen Arten dem Leitbild des jeweiligen Gewässertyps entsprechen. Sofern es deutliche Abweichungen gibt, liefert das Bewertungsverfahren MaBS auch Hinweise dazu, ob Maßnahmen zur Verringerung der Nährstoffkonzentrationen oder hydromorphologische Maßnahmen vorgenommen werden sollten.

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