Für die Beurteilung der Gewässerqualität ist neben der Untersuchung der Wasserphase auch die Erfassung der an Schwebstoffen und in Sedimenten gebundenen Schadstoffe von Bedeutung. Diese Belastungsstoffe beinhalten Schwermetalle, organische Mikroschadstoffe und Phosphorverbindungen und werden mit den suspendierten Trägerpartikeln (Sediment und Schwebstoffe) im Gewässer transportiert und abgelagert. Eine langfristige Anreichung der Schadstoffe kann aquatische Lebensgemeinschaften im Oberflächengewässer schädigen. Daher sieht die europäische Wasserrahmenrichtlinie (WRRL) auch die Probenahme von Schwebstoffen und Sedimenten vor.
Wie bei diesen Probenahmearten zu verfahren ist, wird in verschiedenen Normen und einem Merkblatt der Länderarbeitsgemeinschaft Wasser (LAWA-AQS-Merkblatt P-8/4 „Probenahme von Schwebstoffen und Sedimenten“) geregelt. Bei der Probenahme von Schwebstoffen wird nach DIN 38402-24:2007 gearbeitet, wobei die Verfahrensweise bei der Sedimentprobenahme in DIN ISO 5667-12 beschrieben ist.
Die Probenahme von Schwebstoffen wird beim Landesamt für Natur, Umwelt und Verbraucherschutz NRW hauptsächlich mit mobilen Durchlaufzentrifugen durchgeführt. Dabei wird so lange Wasser durch die Durchlaufzentrifuge gepumpt und zentrifugiert, bis sich genug Schwebstoffmaterial auf dem Filter gesammelt hat. Dies kann sich je nach Schwebstofffracht des Gewässers über Stunden hinziehen und muss im Zweifel am nächsten Tag fortgesetzt werden. Sind die Rahmenbedingungen für diese Art der Schwebstoffprobenahme nicht gegeben, z.B. wenn sich aufgrund zu geringer Schwebstofffracht die Probenahmedauer über mehrere Tage erstreckt oder keine Erreichbarkeit der Messstelle mit der mobilen Zentrifuge besteht, wird u. U. die Probenahme mittels Schwebstoffsedimentationskasten (SSK) durchgeführt. Dieser speziell angefertigte Kasten wird fest in das Gewässer installiert und sorgt aufgrund der Strömungsverhätnisse im Innern für einen fortlaufenden Sedimentationsprozess über mehrere Wochen/Monate - ganz natürlich ohne den Einsatz von Pumpen oder Zentrifugen. Ein typisches Einsatzgebiet des SSKs ist die Beprobung von Grubenwasser, da dieses in der Regel sehr geringe Schwebstofffrachten aufweist und durch seine stark korrosive Wirkung die Durchlaufzentrifuge schnell verschleißen lässt.
Die Probenahme von Sedimenten kann bei schiffbaren Gewässern durch das Laborschiff "Max Prüss" mittels geeigneter Probenahmegeräte, wie z.B. dem Sedimentgreifer, erfolgen. Bei nicht schiffbaren Gewässern erfolgt die Probenahme von Sedimenten hingegen durch einen Probenehmenden vom Ufer aus mittels Edelstahlkelle und -eimer.
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