Die FFH-Richtlinie (Richtlinie 92/43/EWG) hat den Schutz und die Sicherung wildlebender Arten und deren Lebensräume zum Ziel.
Im Zuge der Umsetzung wird der Erhaltungszustand aller Anhang II-Fischarten alle sechs Jahre überprüft.
Die Erfassung orientiert sich dabei an den vom Bundesamt für Naturschutz herausgegebenen Methodenvorschlägen für Wanderfische und den „stationäre Arten“. Hierbei werden die Kriterien „Population“, „Habitat“ sowie die „Ermittlung von Beeinträchtigungen“ berücksichtigt.
Um Synergien zu nutzen kann die Zustandsbewertung der Fische teilweise im Zuge des Wasserrahmenrichtlinien-Monitorings mittels Elektrobefischung erfolgen.
Der atlantische Lachs (Salmo salar) wird aktuell durch das Wanderfischprogramm wieder angesiedelt. Das FFH-Monitoring beinhaltet unter anderem Naturbrutkontrollen in einem von Besatz unbeeinflussten Gewässer in NRW.
Der Maifisch (Alosa alosa) konnte 2014 erstmals mit einer größeren Anzahl Rückkehrern nachgewiesen werden. Monitoringmaßnahmen finden hier im Rahmen des Maifisch EU-Life-Projektes statt.
Für Flussneunaugen (Lampetra fluviatilis) und Meerneunaugen (Petromyzon marinus) wird seit 2010 die Kartierung der Laichgruben durchgeführt, um genauere Aussagen zur Verbreitung und Abgrenzung der verschiedenen Neunaugenarten treffen zu können.
Der Rhein-Schnäpel (Coregonus oxyrinchus) wurde erfolgreich im Rhein wieder angesiedelt und existiert derzeit in einer sich selbst reproduzierenden Population. Da es sich um eine planungsrelevante Art, d.h. Anhang IV der FFH-RL, handelt besteht hier eine besondere Schutzverpflichtung.
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