Einträge von Schwefel- und Stickstoffverbindungen wirken im Boden versauernd. Während noch in den 80er-Jahren der Ausstoß an SO₂ maßgeblich zur Luftverschmutzung beitrug, wird diese Substanz heute kaum noch freigesetzt. Damals verursachte sie den sogenannten „Sauren Regen“ und führte zu großen Veränderungen in der Vegetation. So galten beispielsweise viele Innenstädte Nordrhein-Westfalens und das gesamte Ruhrgebiet als „Flechtenwüsten“. Da Flechten besonders sensibel auf Einträge durch Säuren reagieren, starben in dieser Zeit fast alle Flechten in den genannten Bereichen ab. Dieses Phänomen machte man sich auch für das Biomonitoring zu Nutze. Bis 2004 wurde die Luftverunreinigung mit Hilfe von Flechten erfasst.